民國三十一年郭子究決定揮別家鄉，隻身抵達花蓮。首先在一家酒家「東薈芳」教唱，巧遇企業家林桂興。民國三十二年林桂興組織了「花蓮港音樂研究會」，請郭子究老師擔任講師，會員有一百餘人，研究項目包含了管弦樂、聲樂及舞蹈，全部由郭子究老師負責指導，便是郭子究奉獻花蓮音樂的開端。
郭子究漫無目的地在街上徘徊，當他來到市中心－溝仔尾的一家日式旅舍時，他鼓起勇氣踏進旅館大門，硬著頭皮向老闆娘說明自己的窘境，想不到好心的老闆娘一聽說郭子究是音樂老師，就熱心的招待他吃住，使他免於參風露宿之苦。 宗教，一直都是郭子究心靈的寄托，當他最徬徨無助的時後，不免求助於教會。
	於是隔天一早，他就找到「花蓮港基督教長老會」，拜訪了高端壯牧師，古道熱腸的高牧師知道郭子究的境遇後，就替他引見當時教會的長老張清海先生。張先生當時是在市政府農務課任職，便熱心的為郭子究介紹工作，並邀他同住，使郭子究得以安定下來。
後來郭子究在一家酒家「東薈芳」教唱，巧遇企業家林桂興。民國三十二年林桂興組織了「花蓮港音樂研究會」，請郭子究老師擔任講師，會員有一百餘人，研究項目包含了管弦樂、聲樂及舞蹈，全部由郭子究老師負責指導，便是郭子究奉獻花蓮音樂的開端。

當郭子究老師的音樂事業開始蓬勃發展之際，卻發生了一件不幸的事情，如晴天霹靂般的打擊著郭子究。民國三十三年六月二十六日早晨，當郭子究正忙著準備到花蓮後所開的第八場音樂會時，日本憲兵無情地破門而入逮捕他，同時也抓了他的胞弟及兩名小提琴學生，以「間諜罪名」將他們關入監獄。
	其中一項被捕的理由竟是他所譜的「回憶」具有濃厚的中國風味，毫無日本精神。加上音樂會上又以中國樂器及西洋樂器合奏發表，違反了日本政府禁令，又因他是基督徒，日本政府認為基督教是洋教，在思想上會親善美國，戰爭期間特別警戒留意基督。
被囚禁期間，郭子究萬念俱灰，原本大好的前程，就此成為泡影，在心痛之餘，只有不斷禱告，祈求心靈唯一的寄託－基督的庇佑。過了四十八天之後，他和他的胞弟、學生便全被釋放出來，他們高興的跳起來相互擁抱，心中感謝上帝讓他們喜獲重生，揮別了絕望陰霾的日子。