1998年

民國87年1月，因服務人數漸增，遷址於高雄市三民區九如一路88號，大小為201.84平方公尺，核定收容人數為24人。

1999年

民國88年7月，曾菊清主任帶領全體老師遠赴香港痙攣協會學習『引導式教育』，並應用在本中心的課堂教學中。

2001年

民國90年，聖淵中心開始聘用專職社會工作人員，讓本中心的專業團隊除了特教老師、物理、職能、語言治療師、護理師以外更注入新血，加強個案之家庭支持服務網絡。

民國90年8月，內政部身心障礙福利機構第五次評鑑，本中心榮獲高雄市第一名佳績，讓本中心更向專業邁進一步，也讓本中心成為許多機構參訪的對象。

2002年

民國91年，首次獲得「中華社會福利聯合勸募協會」補助專業社會工作人員人事費。

2003年

民國92年6月1日，遷至現址高雄市苓雅區義勇路149號，空間大小為466.35平方公尺，核定服務收容人數為49人。(如圖三)

民國92年12月，首次將藝術治療與身心障礙幼童結合，並於高雄市立中正文化中心展出『用畫站起來』創作畫展。