日治時期將各城門口之攤販區改建成正式的市場建築，供應一般民生用品及日本百貨，位在舊城南門口外之市場因行政區屬台北州台北市千歲町，又名千歲市場，創建時為一棟磚造平房。
因之後南門市場市場原有空間不敷使用，逐拆除改建為改建為現在三層式建築增建一棟以經營五金、文具、藥品、皮鞋等商品為主的市場，並嚴格限制營業種類。
光復後再次擴充市場外攤位，增加魚、肉、蔬菜等生鮮攤位，市場定名為南門市場，堪稱台北是當時最具規模，貨色最齊全的市場。
政府遷台後，台北市湧進各省人口，因對「家鄉味」的思念，也將大陸各地特色食品帶進來，南門市場開始逐漸洋溢大江南北氣息。多年傳承至今數代的知名老字號商家。
為配合各區籌建行政大廈計畫，將市場改建成地下兩層地上十層的古亭行政中心(現為中正區行政中心)，興建期間，市場暫遷南海路營業。
南門市場原址改建為今日的綜合行政大樓，市場部份乃竣工，全體攤商即行遷入新建市場營業，直到71年12月大樓全部完工。
台北市市場處自民國88年到94年編列整修經費，對市場環境進行計畫性整修，配合政府導入現代化行銷概念，由中華民國公有零售市場權益促進暨發展協會與南門市場自治會，結合經濟部商業司和台北市政府共同推動「建立示範市場推動模式與輔導行銷計畫」，至今已成為全台灣少數營業面積達三層樓且成功經營的傳統市場。
在經濟部與台北市政府的輔導，與市場自治會及攤商努力經營下，獲選為經濟部商業司「種子觀摩市場」，軟、硬體設施足堪典範，致吸引全國各縣市傳統市場爭相觀摩。
為配合經濟部能源局節能計畫，台北市產業發展局規劃於南門市場行政大樓頂樓設置100平方公尺的太陽能板，提供大樓戶外樓梯間等公共用電，初期每月可省3000度，約一萬元電費。
▲南門市場屋頂上的太陽能板
經濟部中辦支援市府1300萬預算，另市場處編列預算5000萬整修市場地下一樓。並南門市場榮獲經濟部中部辦公室舉辦之99年樂活市集三顆星，「立家湖州粽」則獲得唯一的四星攤。
▲南門市場榮獲經濟部綠色市集認證
南門市場榮獲經濟部中部辦公室舉辦之100年樂活市集四顆星，為全省之冠，另有「阿宗海鮮號」四顆星及其他眾多三星樂活名攤，亦獲得綠色市集殊榮，成為全國各觀摩典範。
▲「阿宗海鮮號』賣的正青衣

為了提供廣大支持南門市場的消費者與眾多外籍旅客更優質、友善的購物環境，首開先例由市場自治會承租

空攤，市場處編列6000萬預算整修一、二樓，另於地下一樓設立販賣準備區，讓消費者能近距離看到產品的

安心製程，成為全國最有規模之市集，同時已轉型國際觀光市場為目標。
▲南門市場的一樓