西元1937年，日軍為了配合南進政策及侵華戰爭，而將基隆、馬公和高雄等三地設為要塞區，而其中高雄最接近南洋群島，戰略地位格外重要。
　　 隔年，日軍就在大潭北側設置「東港海軍航空隊」一九三七年，日本海軍航空隊計畫建造一處水上飛機的專屬基地，於是在大鵬灣（當時稱大潭）進行填土工程。先以田地裡的泥土圍出基地的範圍，再挖取大潭內的淤泥倒回田中，並以咾咕石、鵝卵石於基地外圍築起連續壁。整個營區從填土到完工，工程相當浩大，歷經三年多才完成，同時間也進行軍官宿舍的興建，即今日東港的共和眷村與大鵬眷村。據當地的耆老所言，當初日軍收購土地時，大潭的農民並不知道其用途，而日軍進行建造計畫又十分機密，所以人們對營地的情況不甚了解，這處地方因此開始蒙上神秘色彩。日軍所建造的基地主要包含地面設施與地下工程，地面設施如連續壁、水上飛機停機坪與斜坡，還有莊敬樓、彈藥庫、電信通訊室、本部連……等，其中最神秘的，莫過於有著諸多傳說的地下工程。
　　傳說日軍在地面下建造一座大型的地下工廠，一九四五年戰敗臨走前，開啟了地下工廠與隔鄰大潭灣域的海門，引海水入內，淹沒了所有機器設施以絕後人使用，由於與地下工廠相通的地道口均已封閉，外界無法得知是否有此工廠存在，今日只有地道間的通氣孔可供人憑弔。
　　 一九四一年日軍偷襲珍珠港，太平洋地區籠罩著戰爭氣息；一九四四年盟軍轟炸東港地區，大鵬營區內破壞不多，但營區附近的聚落卻死傷殘重；一九四五年日軍無條件投降，台灣政府接收了這座海軍航空基地，交由空軍掌管，並將大潭改為大鵬灣。光復後，營地內先後成立了四個單位，有空軍參謀大學、空軍醫院、空軍幼校及至公中學，而「大鵬營區」之名稱則是空軍幼校等單位搬遷或裁撤後才有的。