勸濟堂另有一項特殊活動「青草祭」，是從勸濟堂建廟開始即流傳下來，已有百年傳統，這項活動主要是帶領附近居民去採集草藥，在經過一定的程序與儀式後，做成青草藥丸供民眾求取服用。在以往醫藥不發達，加上金瓜石交通不方便，民眾就醫困難的情況下，青草藥丸成為民眾的良藥，現在因為醫藥比較發達，青草丹發揮醫療的功效已經減弱，所以現今已沒有每年舉辦。向來寧靜的金瓜石，在端午早上會響起陣陣響亮的敲鑼鼙，通知大家採草藥的活動即將開始，正午時當地住戶使會請出神轎，神轎隨著敲鑼打鼓聲左右搖晃，請恩主指引採集該年適用的藥草。

        指藥主要是「王天君」透過抬轎者的抬轎長木棍，指出神明想要的藥，跟在神轎後方的民眾，負責將神明指定的青草採下，地方耆老表示，民眾若沒有將指定的藥草拔乾淨，神轎在回程時，會以更加激烈的方式用力指點地面青草，讓大家嘖嘖稱奇。神轎的路線並無事先規定，主要是依照神明旨意決定，採集草藥包含山區的和海邊，因為兩邊的草藥不同，山區的草藥並非在勸濟堂附近，因為金瓜名以礦業為主，土壤不利植物生長，加上多次火燒山，植物現「芒草」居多，故大都需要跑到較遠的山區。

        端午採集的青草，主要包括艾草、山葡萄、豬母奶、魚腥草、月桃、絲瓜、雷公根和午時草，採回的草藥由婦女負責清洗、陰乾，第二天由男士開始用石臼舂草藥，搗草藥的大石臼和青草祭的歷史一樣悠久。打臼需要很大的力氣，根據經驗傳承，地方耆老說舂藥需要配合氣息調整，才不會得內傷。當一人舂打時，另一人則幫忙在太乾的藥草上加入午時水，午時水是端午十二點五分至十五分時所取的水，地方耆老說午時水不會壞，製作青草藥加入午時水最好。第三天舂藥，村民會到山上挖黃土，要挖深層一點的土比較乾淨，用以混合青草藥揉成藥丸，黃土與草藥置於掌心揉成像乒乓球一樣的大小，揉好的藥丸放在木製的門板上晾乾，整個過程約費時一週，新年度的青草丹即揉製成功。  

        青草丹藥的取得並不容易，必須向恩主請賜，乞求到的草藥為六顆，用三碗水熬成一碗的份量，據廟方總幹事鄭金木先生說，其為治百病的良藥。雖然金瓜石在日據時代已有金礦醫院，但過去醫療費用昂貴，不見得每個人都能去醫院看病，遇到疾病尋求宗教信仰是很自然的事。在一百五十年前，西方醫學還未普及台灣以前，我們的先人都是用漢方青草藥治病，尤其在鸞堂對濟世活動的注重下，往往吸引了許多民眾到堂求診，民間俗信草藥、偏方，旨星常藉由乩童向神明詢問病情並尋求藥方，一旦靈驗，祭拜人潮從此絡繹不絕。俗話說:「草仔枝會梗倒人」一詞的確不可忽視，雖然這些藥方沒有所謂的科學成份分析和臨床實驗報告，可是卻擁有上百年的醫療成效，到今天，仍有許多人相信青草藥的醫療保健效果。一顆深褐色、散發淡淡清香的青草藥，凝聚了金瓜石地方居民的集體意識，金瓜石本地的土、採集海邊與山上的青草、端午節的午時水、一週的搗藥與居民的揉青草丹，整個過程中凝聚了居民的共同意識與力量。現在的青草祭已不再著重過去的醫療功能，但地方耆老依舊遵照傳統堅持這項特殊儀式，金瓜石的地方居民仍舊靜靜的過著不一樣的端午節。