柯旗化的兒子，著名的社會學家柯志明說到爸爸，「政治始終不是他的志業，出獄後他從來沒有想到過，要把17年的苦牢兌換成從政的資本，除了老師、文法學家之外，他最喜歡的稱謂莫過於詩人、文學家了。」1969年，柯旗化出版《南國故鄉》小說集，作者以平順的文字，透過男女主角感人的愛情故事，提出許多發人深省的問題，探究愛的真諦是什麼？縮小新世代與上一代間的距離，也讓人體認到社會動盪對於個人無止境的壓迫感。

小說：南國故鄉

       1980年代初期，柯旗化嘗試投些新詩給《台灣文藝》雜誌，主編陳永興發現他的文字平淡中流散岀特別的氣味，很有批判性，因此刊載不少他的詩作，1985年彙集成《鄉土的呼喚》，由最具本土色彩的文學團體－笠詩刊社出版。柯旗化在〈自序〉說：「處在混濁的時代，如果我們還有良心和正義感，實在不該袖手旁觀，因此我決定自告奮勇地充當悲天憫人的詩人，為受苦的同胞說話，也藉寫詩以發抒心中的鬱悶，願我能寫岀時代的心聲。」詩集分成「故鄉之歌」、「呻吟與夢魘」、「大龍與小丑」、「綠島之歌」、「自由的歌聲」，字字句句都是時代的證言，或可看做是，他替許多無法言語、寫文章的平凡受難者，寫下共同的心聲，最後以獲得完全的自由，作為夙願。

詩集：鄉土的呼喚

1986年他創辦《 台灣文化》季刊，寫作詩文成為個人生命很重要的一部分，直到1990年3月，他把後緒的詩作集結成《母親的悲願》，中、英、日文對照，以紀念1947年二二八事件中喪生的余仁德學長和其他犧牲的同胞英靈。整本詩集內容風格統一，完全聚焦在社會與政治現實的議題上，感情深沉，蘊含著動人的力量，用字淺詞雖然淳樸平淡，從大我岀發，直接觸及事件的本質，閱讀過後，給人醍醐灌頂的感覺，還會久久徘徊，低回不已。他為台灣文學新園地，創造耕育的苗圃。

詩集：母親的悲願

         1992年，他寫就的日文自傳《台灣監獄島─柯旗化回憶錄》在日本出版，回憶個人生命與時代巨輪之間的交錯迷離，引起日本學界的注意，透過本書讓長久忽略台灣的日本出版界和學界，直接了解過去半個多世紀來台灣發生了什麼？一個勇敢的台灣人，如何面對強大的、野蠻的政治力量，卻堅持不懈，勇敢地繼續燃燒自己，照耀台灣本土文化。

自傳：台灣監獄島