「台灣布政使司衙門」建於1889年(清朝光緒十五年)，是台灣巡撫劉銘傳為了因應當時省城(台灣省城，位在今天的台中)及布政使司衙門尚未建好而建的臨時辦公的地方，後來台灣省城停建後，省城北遷台北，此地才正式成為「台灣布政使司衙門」，原來建在現在的台北中山堂及其前面的廣場。

    到了1892年時，為了讓巡撫衙門及布政使司衙門接待外來官員有住宿的地方，特別在原來衙門的右邊建了一棟規模較小但較考究的建築。後來這個地方也成為日本人統治台灣初期的總督府，直到1919年台灣總督府(現在的總統府)落成搬遷後，這座布政使司衙門才逐漸荒廢。

    到了1931年日本政府選定「台灣總督府舊廳舍」所在地，做為台北公會堂建築基地，引起這座建築物存廢問題的爭議，終於在有識之士的努力奔走下，把其中較具代表性的部份遷移到植物園(現址)及圓山動物園內，其餘部份全部拆除。

    目前保存下來的部份為原來布政使司衙門中的籌防局的頭門、儀門和大堂，加上左右廂房、通廊及一座老古石建的園林。