福安宮創建於康熙十六年〈西元1677年〉，距今已有三百多年歷史。
當時的大肚溪口通海口岸就在此地，其中往來台閩間的生意人絡繹不絕，而媽祖廟的興建有一段傳奇機緣，當時泉州順安號的船主蔡天慶先生在此地發現一段五尺餘香木，平凡的香木卻有一股奇特的特質，於是蔡天慶先生將香木收藏起來，後來竟在夢中得到湄洲天上聖母啟示，言明「此木乃神明所挑選，要雕三尊聖像，在東土台灣分靈，庇祐在台民眾。」蔡氏將此事說與新港庄民柯天祿知情，柯天祿先生即留一尺八吋刻成天上聖母聖像，供鄉民膜拜，這就是福安宮前身。後又到湄洲聖廟代聘名師，再將聖像與所剩香木雕裝成大媽、二媽、三媽金身三尊，經擲笅結果，迎回三媽築廟安奉，福安宮於此成立。

到了日治時期，河岸雖然後撤，這邊仍是繁榮地區，當時日本巡察渡邊一郎為避免台灣民眾聚集，也為消除台灣人的信仰，於是決定在媽祖廟之處建派出所宿舍，於是強將媽祖廟拆除，另建小廟在派出所旁方便監視，雖然如此仍不能阻止人民對媽祖的信奉。

尤其媽祖神蹟一再出現，人民百姓對媽祖的尊崇與日據增，有次眾信徒經扶乩指示，要在派出所後面茂盛的林投林內重建寺廟，而派出所勢必變成廟口的障礙物，於是新港士紳紛紛出面請託，在大眾壓力之下，日警終於讓步，遷到后湖，而媽祖新廟終有今日之規模。