觀音山凌雲禪寺住持本圓法師圓寂於民國三十六年，由於是臺灣光復初期，使得觀音山凌雲禪寺的法脈系統的領導地位遭受動搖，覺淨法師雖然順利接掌凌雲禪寺，但卻起色不大，雖曾於民國四十五年召開中國佛教會遷臺後的第六次三壇大戒戒場，不過凌雲禪寺的傳法到了覺淨法師這一任似乎面臨了斷層，民國五十二年覺淨法師圓寂，五十七年才由志定法師接掌凌雲禪寺第四任住持，這其中住持懸缺了四、五年。

　　民國六十八年臺北市昭明寺住持玄定法師擔任財團法人凌雲禪寺首任董事長，心定法師繼任第五代住持，同年六月大陀羅尼寶殿奠基，並塑裝完成世界室內最大千手千眼觀世音菩薩；七十二年完成開光，並舉行凌雲禪寺開山百年紀念；七十五年重建凌雲禪寺寶塔。玄定、心定法師為凌雲禪寺充實了可觀的硬體設備，希望能再創本圓法師觀音山派的昔日盛況。

　　西雲寺則於民國74年為內政部公告指定為「台閩地區之第三級古蹟」,並於民國82年委託國立成功大學調查規劃，民國84年委託符宏仁建築師事務所設計監造，於民國85年開工重建，87年完工，此次為大幅度的修建，樑柱、瓦片、牆面全部換新。

　　光復後凌雲寺的寺務由陳盛藩管理，制定佃農耕作面積之賦額，充作凌雲寺繳納政府之稅捐及祭典費用，並於民國78年於原寺後方增建廟堂 。

參考資料：五股志、臺灣佛教一百年