凌雲禪寺的創建，並不是始自本圓和尚，而是早在清朝光緒初年，就已經開山創建了。光緒九年（西元一八八九年），福建鼓山湧泉寺的理明禪師，渡海來臺募化，一日偶到臺北五股訪友，見淡水河側萬山屏列，山勢雄偉，含蘊著鍾靈毓秀之氣，他認為是一處闢建道場的勝地，乃約他鼓山同戒的寶海禪師來臺，二人在山上搭建茅篷，山居修行。過了若干年，理明禪師示寂，留下寶海禪師一人。到光緒三十四年（西元一九○九年），有護法居士劉金波者，捐財助寶海和尚建寺。宣統元年建寺工程開始，寶海以自己年邁多病，恐不能完成建寺的任務，乃約請也是鼓山戒子在大陸參訪的本圓和尚回臺協助。本圓回臺時，還帶著他的弟子覺淨，同到臺北五股觀音山訪寶海禪師。及至他看了正在興建的凌雲禪寺，發覺凌雲禪寺格局不夠。他在大陸參訪多年，大叢林看多了，覺得凌雲禪寺格局太小，殿宇狹隘，沒有叢林的開闊氣象，有礙於未來的發展。他說服了寶海禪師和劉金波居士，重新予以設計和改建。為時未久，寶海禪師也圓寂了，建寺的重任就落在本圓和覺淨師徒身上。
一組建築群的改建，較新建尤為耗工和費款。凌雲禪寺自宣統二年初建，於民國三年（西元一九一四年）作了初期的改建，重新改建了大殿及主要建築。到民國七年（西元一九一八年）又作了第二期的改建及增建，增建了禪堂、齋堂、客堂、報恩堂，以及開山院、楞嚴閣等等。同時也改善了道路交通，汽車可以開到山麓。至此凌雲禪寺規模麤備，信徒朝山者日多，香火日盛，為日後發展奠下了基礎。
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