追溯郭姓祖先是居住在福建泉洲，在乾隆年間有意來台 耕耘，故將金身攜帶來台灣護身。起初只是自己崇拜是為私家佛，到日據時代大正年間威靈顯赫、庇祐群黎，才由信士郭吳蕭姓之祖共同建立廟宇是為公廟，歡迎大眾參拜，以祈平安。而當時廟貌只是草創，並不壯觀，當時稱朝鳳寺。

等到台灣光復時，再由郭愿、郭強、郭戇、郭釵、郭故等五善信開始建廟，擬建磚壁上面舖蓋紅瓦，非常壯觀，改廟名為鳳山寺。

鳳山寺於民國73年農曆12月20日，為當時欲建海底隧道及貨櫃場，以致遷村，故本寺亦隨之重建於現址。

又於民國76年農曆三月間成立重建委員會經會議決定於民國76年農曆5月初2擇吉動土，於民國76年農曆6月14日開工興建。民國78年農曆6月11日吉時安座。