本宮創建於清康熙三年(西元一六六三年)，由鄭王部屬為紀念延平郡王復台暨護航戰船有功之五王神像而建，本宮命名為「代天府保安宮」，供奉「李池吳朱范」五府千歲金身。奉祀五王神像外尚有供奉「贔屭」，「贔屭」係清乾隆五一年(西元一七八六年)，「天地會」在台灣掀起反清復明活動，本島各地紛紛響應。乾隆皇帝命欽差福康安，參贊海蘭察率領大軍渡海平亂。「天地會」被平。乾隆帝大悅，下詔在台灣為福康安等建祠紀念。清高宗御筆親題石碑與石龜(贔屭)名十隻贊序。該十隻石龜運到台南安平港內鯤鯓湖，搬小船時，一隻突然沉入水中，不見蹤影。其餘九隻運到台南福康安祠。後再搬至赤崁樓，為今赤崁樓下所陳列之石龜。而落水石龜獲得日月精華，又得白蓮聖母附身，成為神龜。奇跡這隻石龜游到本宮轄內石龜塭，由本宮吳府千歲與信徒恭請前來供奉，名曰白蓮聖母，安享人間香火，神靈顯赫保國佑民。
本宮於清乾隆年間林雲氏捐資重修，獻贈「代天府」金字匾，懸在神龕留念。又乾隆廿三年(西元一七五八年)仕金氏再重修。嘉慶廿一年(西元一八一六年)重修殿宇，獻贈石器、香爐、灼台。道光十五年增建東西廂與殿宇修葺，立大石碑紀念。又同治六年再重修。光緒十二年增建后殿宇。日據時代大正十二年(西元一九二三年)重建東西廂。昭和八年即民國廿二年(西元一九三三年)，為開闢南幹?大排水溝，本宮四隨亭被拆除，改建做拜亭。於民國卅五年(西元一九四六年)台灣光復，重回祖國懷抱，為紀念此大慶，重修后殿宇，以辦理宣揚中華文化與增進民族意識。民國五十年重修，為彌補前次，舉行五朝建醮大典，得神靈保佑風調雨順國泰民安，並繼續宣揚中華道統文化。民國六八年(西元一九七九年)，配合市政府政策自動拆除后殿，使新南路(現府前路)順利開闢。又順應未來海安路拓寬，本宮西廂將成騎樓，實廟宇缺憾。為重振本宮往日威赫及嗣後之利，依法改建並擴建為二層樓廟殿宇，面積約三百坪，二樓合計約六百坪，自民國六八年農曆十一月十二日辰時僱工興建，神明保佑民眾鴻福，曆經六年，於今七四年仲秋順利完工。就此宮殿凌霄宏偉，氣勢壯觀，顯現神威，國富民強，萬民之福也。
中華民國乙丑(七十四)年 仲秋
〈文字資料：保安宮管理委員會提供〉