漁人碼頭的航線主要可以分為港口間的航線與內河航線。

《多港進出遊程》

　　台北縣有120公里綿延的海岸線，其中有眾多的港灣與港口，藍色公路可以將各個港口連結起來，範圍包括淡水漁人碼頭、富基漁港、野柳漁港、萬里漁港、深澳漁港、鼻頭漁港、澳底漁港等，現行規劃航線有兩種，因天候影響，許要事前預約船家，才會出船：

淡水漁人碼頭  ←→  富基漁港

富基漁港　　  ←→  野柳漁港

《單港進出遊程》

　　進入漁人碼頭港區內，就可以看到沿著港灣有許多私人的船家公司，目前漁港正在規劃，希望可以將這些船家統一售票，做妥善的管理，便利遊客選擇船家。大部分的船家航線都以內河航線為主，路線都差不多，可以參照漁人船家中各船家的資料。

《內河航線》

　　由淡水渡船頭至淡水漁人碼頭，船行約十分鐘，可以欣賞美麗淡水河案，若遇上假日人車擁擠時，這航線是個不錯的選擇！