民國七十三年，「蓬萊島雜誌事件」發生，水扁先生因擔任該雜誌社社長而被控譭謗。
       七十四年，在該案初審判決後辭去議員職，返鄉投入台南縣長選舉，高票落選。同年十一月十八日，在進行謝票活動時，吳淑珍女士遭一從巷弄中高速衝出之重型拼裝車撞擊，造成下半身癱瘓。
        民國七十五年，水扁先生遭法院判決有期徒刑八個月確定；六月十日，與同案被告黃天福、李逸洋先生發監執行，監禁於土城看守所內。
        民國七十五年底、吳淑珍女士當選立委，水扁先生旋於七十六年出獄，加入民進黨，繼續執業律師，並擔任吳女士之國會助理。