西元一六八零年三月，鄭經因為海戰失利而退守台灣，反清復明之志逐漸消失，隨著故老親信陳永華、楊英、柯平的相繼去世，不覺心灰意冷，終至不臨政事。同年，他選擇了邑治北方的洲仔尾，建造園亭，命名為「北園別館」，又叫做「承天府行台」、「洲仔尾園亭」，作為給其母晚年安居的處所，也當作酗酒作樂麻醉自己的場所。來年元月二十八日，終因積鬱而死於別館。三年後，施琅征台，鄭克塽降清，鄭氏後裔移居內地，北園別館乏人照料，逐漸荒廢。

　　西元一六九零年，台廈道王效宗、總鎮王化行，見台灣初入版圖，卻沒有一座佛寺；又見北園別館遼闊幽寂，竹林蒼鬱；為了彰顯大清盛世，於是年八月七日就北園別館加以重建，並安塑佛像。隔年辛未四月八日完工，取名「海會寺」，又名「開元寺」。西元一七七七年，台灣知府蔣元樞大加修整開元寺。當時的規模相當寬大，為四殿兩廂房形式。建築物計由山門、彌勒殿、大雄寶殿、大士殿依次排列而成。五開間的山門，前有八字牆，後有鐘樓及鼓樓，十王殿及註生祠。彌勒殿左右，分立文昌帝君殿及東嶽殿，東嶽殿右側並有縱向的土地廟。大士殿的右側設有官廳，左側廂房外有箭亭，行制相當完備。 西元一七九六年，台灣總兵哈當阿，見其牆垣殘破，屋瓦損毀，又加以重修，由於時值嘉慶皇帝登基，為「聖天子綏靖海疆至意」，改名為「海靖寺」。總兵哈當阿並親提三匾：「三寶殿」、「彈指優曇」、「不二法門」，至今由高掛於殿堂之上。

　　一八九五年時台灣割日，寺內惡僧寶山與日人勾結，擬將寺產出賣給日人，幸好出賣前夕該僧嘔血身亡，開元寺才得以保存下來。後來經過第六任住持玄精上人發願重修，以得聚眾，開元寺舊觀才得以復興。

　　民國四十七年，政府實行「耕者有其田」政策，開元寺因土地生產不足繳稅再度陷入危機。後經眼淨禪師與各界士紳和議處理才化險為夷。此後，廟宇陸續添建、修整，並且創辦佛學院、幼稚園、慈愛醫院等。開元寺扮演的已不僅是僧侶靜修與佛教信仰的單純寺廟角色，而是一座與市民日常生活關係密切的綜合性機構。

　　開元寺是台灣最早創立的官方寺院，在台灣佛教界享有極為特殊的地位，雖經過多次整修，在主體的建築上，保有典型佛寺的「伽藍格局」，在台灣的寺廟中相當少見。