清康熙22年（1683），台灣入清版圖，隔年，清廷劃定台灣為一府三縣，改明鄭時之承天府為台灣府。 初期，清廷治台始終採取消極政策，直到康熙60年，發生民變「朱一貴事件」，清廷才痛定思痛，重新調整 對台的經營方式，對於府治台南也開始有較積極的建設。始終受歷史眷顧的台南，自此更頂著「全台首府」 的尊榮，昂首步入它歷史上璀璨、輝煌的一段時間。

　【建城】：迫於實際防務的需要，加上駐地官員的不斷奏請，在台南射府40年後，清廷終於應允台南建 城。雍正3年（1725），由台灣知縣周鍾瑄主持興建的台南城終於在嘉南平原上建起來了。
　府城第一次建起的城池是木柵城，形如「］」，西面因臨海，所以不設柵垣，總共開設7門。數年後，陸 續又在柵城外增植刺竹和綠珊瑚，城樓改成磚石結構，並增建小西門，使城8門。
　台灣府的柵城儘管頗費匠心，不耐火、易被砍伐等先天缺陷卻無法克服。歷經了林爽文之役等多次民變 的考驗，清廷終又允福康安等人所奏，將台灣府的柵城改建為三合土城，並命台灣知府楊廷理總理城工。於 乾隆53年（1788）開工，乾隆55年完成。
　此之後至清末，雖續有整修，並增築外城，但整體規模卻為這次建成所立。直到1907年，日人拆城止， 共歷時100餘年。期間幾經變亂的考驗，對維護有清一代府城的安定貢獻極大。

　【渡台禁令的調整】：清康熙23年，清廷頒布渡台禁令，僅准漳泉人士做有限度的移民，但不準擕眷， 且出入港口限福建廈門與台南的鹿耳門封渡。此政策雖使台灣整體開發腳步減緩，相對卻使台南蒙地利之便， 因移民集聚，市景一枝獨秀。
　雍正10年，清廷首次允許移民擕眷來台，之後，雖又多次重申海禁，卻擋不住移民渡台之勢。至乾隆41 年後，渡台禁令已形同虛文，於是大量移民由鹿耳門湧入府城，形成明鄭後的一大移民潮。台南因而人口激 增，市況益發繁榮。此時期的移民可能便是今天許多台南市市民的祖先。
　鑑於台灣北部的逐漸開發，清廷分別於乾隆49年和53年再開放鹿港和淡水八里岔為通商口岸。至此，台 南雖喪失了全台為一口岸的優勢，卻因得其先機，仍為全島最繁榮的城市。「一府二鹿三艋舺」的俗諺因此 應運而生。

　【三郊勃興】：由此社會安定，人口持續增加，造就了民生富裕的條件。乾嘉年間，府城3大商業貿易組 織「三郊」的興起、壯大，為台南往後百年的黃金盛世揭開序幕。
　府城【三郊】是指，分別以北郊蘇萬利、南郊金永順、糖郊李勝興為首之3種性質商號聯合形成的大組織 。此一貿易集團不但執掌清代全台對外貿易之牛耳，更以其雄厚的財力支持府城的各項建設，如建廟修寺、 造橋築路、疏濬港道等，此外，也賑災濟貧、調解民間糾紛，甚至協助官方，組織義民，保衛城池，驅逐海 寇。成為當時台南社會的一股重要安定力量。
　另一方面，這些殷商巨賈也雅好詩書，熱心教育，獎勵士予參與科舉；加上官方普設書院，提倡文教不 遺餘力，使得府城人才薈萃，文風昌盛，科名稱冠全台。及至今日，台南仍是傳統文化氣息最醇厚的城市。

　【滄海變遷】：早期台南因臨近海岸，移民集聚而興起；繼而又因擁有良港，發展對外貿易而瑧於極盛； 清代後期起，海沉路浮，港口消失，亦為台南逐漸沒落的主要關鍵。滄海桑田，正是府城興衰的最佳註腳。
　荷據時期台南的海岸線約在赤崁街一線；明鄭時西移到西門路附近；進入清代，台江更淤，乾嘉時，海 岸推移至文賢路、金華路，新生的海埔新生地則由官方與三郊協力疏濬出數條港道，其中供通商使用五條， 號稱「五條港」，府城的繁華市景並未受太大的影響。>
　直到道光3年（1823）7月，台灣西南平原發生大風雨，曾文溪改道，挾大量河沙注入台江，千里汪洋盡 成海埔。之後雖幾經修濬且變換外港，勉強維持至清末，卻已是強弩之末，優勢盡失。

　【外來衝擊】：同治三年（1684），安平海闊建造完成，並正式開港，英、美、德等國外商相繼到府城 發展，於安平及五條港區廣設洋行。這些外商挾著雄厚的資本及不平等條約的保護，一方面大量進口鴉片及 洋貨，另一方面，亦逐漸將農產品外銷及新式輪船航行的利權收為己有，掌握了台灣對外貿易的霸權。傳統 郊商因而大受打擊，清廷雖曾利謀對策，卻仍無法挽回行郊衰落的命運。
　而隨著港口開放，西方的傳教士也相繼到府城傳教。他們在台南建教堂、辦學校、設醫療所，傳佈教義 的同時，也引進西方的教育、醫藥、科學等新觀念，不僅促成府城的近代化，就台灣整個歷史發展的角度來 看，府城與西洋文明的接觸，亦開風氣之先。
　光緒元年（1875），台灣增置台北府，使府城喪失了全台唯一政治中心的位置；光緒11年，台灣建省， 省治設在台北，首任台灣巡撫劉銘傳將建設的主力放在北部，又使台南府逐漸喪失全台經濟中心的地位。府 城的光輝歲月至此逐漸步入尾聲。