「秘雕魚」並不是正式某種魚類的中文名稱，而是因為當魚畸形的形狀是背部隆起，看來像是布袋戲裏的駝背怪客「秘雕」，故被人稱作為「秘雕魚」。後來凡是魚類畸形就常被人戲稱為「秘雕魚」了。迄今於現場所發現的「秘雕魚」，只有 花身雞魚及大鱗（俗稱豆仔魚） 兩種是每年夏天均可採獲到的，可能也是「秘雕魚」的另一種魚，虱目魚只有在86年夏天發現兩尾。
魚體外觀背部隆起或體側彎曲，而花身雞魚體側原有的三條黑色縱帶變得較模糊，且由直變彎，側線亦然。以X光底片檢視骨骼形態，有脊椎前彎 (lordosis) 及側彎 (scolosis) 之產生。脊椎形態呈波浪狀，有單彎、雙彎，甚至三個彎的情形。彎曲程度視個體畸形的嚴重情況而異。
民國82年7月下旬，台北縣金山鄉環保人士首先於核二廠溫排水出水口旁的小溪口捕獲許多體長約1∼2公分的花身雞魚和大鱗的畸形幼魚，經媒體於同年8月大幅報導後，即開始廣受國人的關切與重視。
•民國82年夏季首度發現「秘雕魚」的實際情況
只在出水口旁左側小溪之出口，數量多，多為1∼2公分之幼魚，畸形比例有時高達9成。
出現時間由七月下旬一直到九月中旬，其後則體長逐漸長大，數量銳減。
畸形魚出現地區只在出水口旁或出水口內，在附近其他鄰近地區或全省各地均無發現。
發現畸形魚的水域只有水溫是公認明顯偏高的環境因子，達37∼41℃，其他重金屬、輻射、鹽度、溶氧、氯度均未被證實有偏高的現象。
畸形魚種類只有花身雞魚及豆仔魚，其他魚種之魚苗未見畸形個體。
根據國外文獻記載能使魚類產生畸形的原因甚多，包括溫度、遺傳、胚胎發育缺陷、鹽度、溶氧、輻射、外傷、污染 (重金屬或其他毒物) 、荷爾蒙失調，寄生蟲、電流、營養不良 (缺乏維他命等等)。
已知能使魚體椎彎的可能原因
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由於室內蓄養只有高溫能再製與現場捕獲形態類似之畸形魚，且只有水溫偏高是現場惟一可測得且被公認的環境因子，故溫度應為導致「秘雕魚」之主因，但亦不排除有其它污染源可能與溫度有相互加乘之作用，但仍需作進一步之研究予以證實。
根據中研院動物所邵廣昭研究員當時所作一系列之研究，及累積至目前 (87年5月) 調查的資料，已可由下列十項證據證明秘雕魚應純係由水溫偏高所造成：
(1) 核二廠椎骨彎曲之畸形魚只有花身雞魚及豆仔魚兩種，且始終只分佈在高水溫之出水口內及堤防邊的有限範圍，此表示其畸形係因後天短期（一週以上）生活在高溫水域所致。如係經由輻射污染到漂浮性魚卵及仔魚，甚或經由遺傳到下一代之長期輻射傷害或重金屬累積效應所致，則其分佈應隨海流分佈到核二廠以外較廣泛的其他水域，而不會只偶限在出水口旁一地，更何況花身雞魚的生活習性 (參見前第三則) 是在外海產卵孵化，待變態為仔魚後才會向岸洄游，換言之花身雞魚之魚卵及仔魚前期應不會出現在岸邊。（形態組及環生組均亦獲相同之結論）
(2) 核二廠之畸形魚迄今已連續五年 (民國82年∼86年) 每年均在水溫高之夏季（6∼9月）出現，即到6月進入夏季後，當地背景水溫平均在27℃以上，加上核二廠出入水口的溫差10∼12℃，故出水口之溫度已高達37℃以上，已達形成畸形魚之條件。直到9月或10月海水背景溫度降低後，才無畸形魚苗。此後到翌年夏天期間內所發現之畸形魚均為上一夏天留存在出水口內，已成長為體型較大的個體。反之如果不是水溫而是輻射或重金屬污染所致，則畸形魚應不會這麼巧每年均在夏天呈季節性出現。
(3) 根據國內外文獻報導，造成畸形魚之原因很多，包括水溫、輻射、重金屬、營養、疾病、遺傳等等。但如要推斷是何種原因才是造成「核二廠」產生秘雕魚之主因，則必須在核二廠出水口現場有該種污染源明顯偏高之証據。而目前現場只有水溫是明顯公認之偏高因子（每年夏天出水口水溫均在37∼41℃）。
(4) 目前只有水溫可從室內重現與現場捕獲形態完全相同之畸形魚（∼10公分體長），即將1公分左右之正常魚苗置入37℃以上之高溫中飼育2週以上即可獲百分之百之畸形魚，36℃則約一半。（環生組亦獲類似之結果）
(5) 已畸形之魚體在置回常溫中蓄養，椎彎即會逐漸恢復正常，魚體愈小，成長愈快時回復愈佳。如果是其他輻射或化學污染，則已椎彎的個體應該不會恢復，也就是後兩者的污染應屬不可逆的。
(6) 利用核二廠出水口現場之海水及底泥，在現場之貨櫃屋內進行流水式蓄養試驗，証明只有溫度高（37℃）的缸魚會畸形，而此缸之水在自然冷卻流到35℃以下之數缸中後，溫度較低，缸中之魚就不畸形。此試驗足以証明核二廠之溫排水中除溫度外應該沒有其他可致魚畸形之污染源，否則相同的水，應該也會使後面幾缸溫度較低的魚也畸形才對。
(7) 高溫使魚畸形之機制亦已究明，即因高溫使魚體內維生素C破壞或不足，以致膠原蛋白（collagen）中之hydroxyproline含量不足，使魚之骨骼及肌肉成長不正常不協調所致。此維生素C受高溫破壞可能是魚所吃的餌料，也可能是魚體本身內部的維生素C含量。總之在添加高量之維生素C食餌餵飼花身雞魚後，則即使水溫高達36℃，魚亦不會畸形。（此部份實驗主要係由海大黃登福教授所作）
(8) 畸形魚之染色體數目與正常魚完全相同，故應與放射性或遺傳效應無關。（形態組研究結果）
(9) 分析肌肉蛋白成份顯示核二廠現場所獲之畸形魚與高溫蓄養所得之畸形魚均比正常魚有較多的分子量30∼40kd蛋白質中等電點的蛋白質，而重金屬處理之個體則無，此顯示高溫和飢餓可能造成畸形魚。（形態組研究結果）
(10) 目前全省電廠中只有核二廠之進出水口溫差最大，在10∼12℃以上，其餘核能或火力電廠均較低，多半在7∼8℃左右。而此3∼5℃之差異正是造成何以只有在核二廠一地發現秘雕魚之主要關鍵。因夏天7、8月份不論台灣南北，海水背景水溫都可達29∼30℃，若電廠設計之溫差達7∼8℃以上時，則會使溫排水在出水口處達到37℃以上，即有可能會產生畸形魚。此一現象之嚴重程度又受當年電廠運轉（跳、停機）、魚苗來游量、及當年氣候（颱風）等情況所影響。我們兩年多來在現場之調查水溫及畸形率之結果均可以印証此點。
秘雕魚產生歸根究底，應該是早年環保署所訂定之放流水標準，即「溫排水放流口之水溫不得超過42℃」的規定太寬鬆。以致核二廠出水口溫度在夏季時雖可高達42℃，卻仍合乎環保規定並未違法。但由於室內蓄養實驗結果已知水溫在37℃以上即會產生秘雕魚，因此未來如要使秘雕魚每年夏天不會像核三廠珊瑚白化一樣年年發生（33℃或34℃以上，珊瑚即會白化），也只有當環保署再重新檢討向下修訂此一溫度值。當然若台電能研究更改二廠之發電及溫排水設計，或增加稀釋幫浦等來降低出水口的水溫2-3度，也應能奏效。如確有實際困難，仍然無法改善，則可以再考慮下列方法：
利用夏天畸形魚出現季節，降載或停機歲修。
研究如何使魚苗不致游進出水口內 -- 如將出水口改為核三廠之導流堤式、表面排水、出水口 (堤內) 海底填高，或在出口研究採用噴水、稀釋幫浦、音響、氣泡幕或電流等各種驅魚方法。
堤坊封實、使熱水不致外滲。
估計每年產生畸形魚之數量，或資源損失之量，並實施復育計畫，如種苗放流或人工魚礁以彌補魚類資源損失。
